Apesar de ter dominado com certa facilidade a temporada de 1989, a McLaren encontrou diversos problemas para os acertos em Hungaroring. O sinuoso circuito aumentava as chances de carros com motores mais fracos e pela primeira vez em 13 meses a pole position não ficava nas mãos de Ayrton Senna ou de Alain Prost. A última vez em que isso havia acontecido foi em julho de 1988, no GP da Inglaterra, quando Gerhard Berger havia cravado a volta mais rápida do treino classificatório com a Ferrari.
Na Hungria, dessa vez foi a Williams de Riccardo Patrese que conseguiu tirar a pole das McLaren. Senna ficou com a segunda colocação, apenas 0s313 atrás do piloto italiano, que cravou seu melhor tempo em 1min19s726.
Na segunda fila estava a grande surpresa dos treinos: Alex Caffi, piloto italiano da Dallara, que fez seu melhor treino da carreira justamente na Hungria. Ao lado de Caffi, na quarta posição, estava a Williams de Thierry Boutsen. Prost largaria somente da terceira fila, em quinto lugar. Berger era o sexto no grid com a Ferrari.
